Rien ne va plus dans la vie d’Owen depuis que son père est mort en prison, accusé d’un crime qu’il n’aurait pas commis. Au lycée, le garçon fait la connaissance de Monroe, un informaticien qui lui propose d’utiliser l’Animus, une machine qui permet, grâce à l’ADN, d’explorer le passé de ses ancêtres. Owen accepte. Au cours de l’expérience, il remonte à l’époque des Conquistadors, au Mexique, et découvre l’existence de la dague d’Hernan Cortès, un fragment d’Eden aux pouvoirs mystérieux. Monroe lui explique que, depuis la nuit des temps, deux organisations secrètes û la Confrérie des Assassins et l’Ordre des Templiers û sont prêtes à tout pour s’emparer de cette relique.
